Bio-Kult neobsahuje prebiotika, protože tento výrobek byl vytvořen pro ty pacienty, kteří mají citlivá střeva. Prebiotika slouží jako živný substrát pro bakterie obývající střeva a napomáhají k jejich růstu. Prospěšné laktobacily a bifidobakterie jsou efektivnější při fermentaci prebiotik než patogenní bakterie a také produkují méně plynů v průběhu fermentace. Nicméně je skutečností, že, až do stavu vytvoření mikrobiální rovnováhy ve střevech, mohou prebiotika bohužel sloužit rovněž jako živný substrát pro patogenní bakterie, které produkují mnohem více plynů. To může vést k nepříjemným stavům jako je nadýmání a plynatost, což paradoxně může některé lidi odradit od užívání probiotik.
Jakmile dojde k obnovení rovnováhy střevní mikroflóry mohou někteří pacienti, s daleko menšími problémy, buď užívat nějaký prebiotický doplněk stravy či konzumovat více potravin obsahující prebiotika, např. zeleninu. Klinické studie zabývající se probiotiky, prebiotiky a synbiotiky se ve své úspěšnosti velmi liší. Výzkum ukazuje, že člověk, aby dosáhl plného prebiotického účinku, by měl konzumovat asi 10 g prebiotik denně, což je více než by se mohlo vejít do kapsle s probiotiky.
Probiotické kmeny výrobku Bio-Kult jsou ošetřeny speciální technologií, která na nich vytváří ochrannou vrstvu, čímž se zajišťuje jejich vysoká stabilita, a tak nepotřebují prebiotika ke zlepšení jejich schopnosti přežít ve střevech. Prebiotika lze, jak již bylo výše zmíněno, získat i ze zeleniny např. z cibule, česneku, chřestu, pórku, nedozrálých banánů apod. Nicméně Bio-Kult Infantis obsahuje prebiotikum s obchodním názvem Preplex (fruktooligosacharidy a arabská guma). Obsahuje ho proto, aby se podpořil růst komenzálních bakterií v nevyzrálém a vyvíjejícím se střevním prostředí kojence, kde je výskyt dysbiózy méně pravděpodobný.